No se conoce la fecha exacta de su fundación, pero ya en 1506 tenía prior. Fue creado por frailes agustinos venidos con los hombres de la conquista. La construcción se inicia en 1506 y en 1509 se estaba aún fabricando. Una serie importante de personas de la época entregan datas consistentes en tierras, casas y dinero para que siga la obra del convento y de la iglesia, que se realizan bajo la advocación del Espíritu Santo.
Tenía la iglesia una sola nave en 1530. Las tras naves estarán construídas en 1547. hacia 1560 el convento está prácticamente construido. El deterioro de los años y la posible falta de calidad en la primitiva construcción hicieron posible que en 1617 se hicieran reformas y obras de cantería y de carpintería, por las que se sustituyó casi todo el pavimento.
Durante el siglo XVIII siguen las obras de reforma y consolidación, restaurándose partes mal construidas. También la iglesia sufre una serie interminable de retoques, reformas y consolidaciones, que terminan por decidir su reedificación en 1765, rehaciéndose desde sus cimientos y rodándola más hacia el este, de tal manera que quedará la plazoleta que permite la entrada al convento. Volvió a demolerse entre 1771 y 1774 y se reconstruye y bendice en 1784.
La iglesia fue ocupada en distintos momentos por la parroquia de la Concepción debido al mal estado del templo parroquial. También la ocupó la Catedral en el periodo en que se realizaron las obras del templo, desde finales desde el pasado siglo hasta el año 1915.
En 1964 el templo sufrió un importante incendio que dejó solamente las paredes que lo conforman. la cantería de los arcos y columnas se calcinó y desaparecieron importantes imágenes y objetos sacros. Hubo una colecta pública para su reconstrucción que no prosperó lo suficiente, y el dinero, al parecer, lo destinó el obispo Franco Cascón para realizar las obras en el seminario nuevo que se construía por esa época. Poco antes de su muerte, el mismo obispo cedió el usufructo de la iglesia y de la casa anttigua, que había sido regentada por los Padres Paules, a la orden Betlemita, que se instala en La Laguna en 1985. Franco Cascón aventajado fraile redentorista, llegó a Tenerife por designación del papa Juan XXIII para sustituir a Domingo Pérez Cáceres, una auténtica institución popular en las islas. ocupaba el rectorado de la basílica de Nuestra Señora del perpétuo Socorro de Madrid.
Tras el incendio la iglesia no ha sufrido ninguna intervención, y el cambio brusco de las temperaturas a las que estuvieron sometidos los materiales que sobrevivieron al siniestro, se presentan como una de las principales causas del estado actual ruinoso, de abandono, desolación y deterioro constante.
Es de destacar el convento que en la actualidad se destina a Instituto de Segunda Enseñanza. Es un edificio que ha sufrido muchas alteraciones y la más importante durante el presente siglo, renovándose la totalidad de la fachada por la calle Rodríguez Moure y Anchieta. Sin embargo, conserva un hermoso claustro de piedra de cantería roja, muy similar al del convento de las monjas Catalinas, y un segundo claustro, al que se suprimió uno de sus lados, formado por columnas de madera sobre basamento de piedra basáltica. El viejo Instituto de Canarias tiene una gran solera y por el pasaron los personajes más ilustres de letras y políticos del siglo XIX y durante varios lustros del XX. Es el heredero de la primera universidad. Conserva importantes obras de arte, destacando pinturas del Museo Romántico de Madrid.
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